1950. június 29-én, Szent Péter Pál napján délután öt óra tájban hurcolták el, de nem indítottak pert ellene. Kistarcsán tartották fogva, mindenkitől szigorúan elkülönítve. Rabtársainak emlékezéseiben szerepel, hogy sokukat, őt is súlyosan bántalmazták, verték, kínozták. Nem engedték neki, hogy becsukja a cellája ablakát, nyitott ablaknál, fűtetlen szobában kellett a telet elviselnie. Meszlényi Zoltán ráadásul nem volt teljesen egészséges ember, gyógyszerekre is szüksége volt, már akkor is, amikor elvitték. Gyógyszert azonban nem lehetett bevinni, sőt semmilyen kapcsolatot nem tarthatott a külvilágg
al.
Egy rabtársa visszaemlékezése szerint, amikor halkan kifejezte részvétét a püspöknek, Meszlényi ujját az égre emelve csak annyit mondott: „Õ többet szenvedett.”
Sok szenvedés után 1951. március 4-én a Mosonyi utcai kórházba már a halott főpásztort szállították, majd 10-én temették el. Halálát utólagosan anyakönyvezték 1954 júniusában. 1966. június 22-én hamvait exhumálták a rákoskeresztúri új köztemetőben, majd az esztergomi bazilikába kerültek földi maradványai. Boldoggáavatásakor 2009. október 31-én ereklyéjét az esztergomi bazilika Szent Adalbert mellékoltárban helyezték el.
Boldog Meszlényi Zoltán életrajza itt olvasható.
Magyar Kurír