János 1568. november 28-án érezte először, hogy megragadja lelkét az az ideál, amely később a Keresztes szentet formálta belőle: a sarutlan kármeliták ideálja. A megvalósításhoz a dorvelói kolostor alapításával fogott hozzá, s hamarosan további kolostorokat alapíthatott.
A renden belül azonban az elméleti és joghatósági viták odáig fajultak, hogy Jánost a testvérei a toledói konventban egy cellába zárták és rabként tartották fogva. A cella végtelennek látszó sötétségét arra használta föl, hogy megrajzolja saját lelke képét. Mikor végre elhagyhatta börtönét, magával vitt egy iskolás füzetet tele olyan tájak és jelenetek rajzaival, amilyeneket ugyanebben az időben és ugyancsak Toledóban El Greco festett. A dolgok természetes rendje szerint vad és keserű szavakat várnánk tőle haragja és keserűsége kifejezésére a kegyetlen bánásmód miatt, ehelyett, mintha mindez nem is vele történt volna, derűsen rajzolja és festi a szabadság diadalát, melyet nem lehet sem börtönbe zárni, sem megbilincselni: a szeretet szabadságáét.
Börtönében írt elemzéseinek alaptémája a szeretet küzdelmei a lélek sötét éjszakájában. Mindaz, amit leírt, különböző módszerekkel készült önarckép, románcok, amelyekben a Szentháromság, a misztikus Test, a Megtestesülés szépsége és a lélek minden szabadsága benne foglaltatik.
Toledói börtönéből megszabadulva János Andalúziába ment, melynek lelke, napfénye, színei, éghajlatának heve, népének szenvedélyei, zsidó és mór legendái s titokzatos történetei, mind hatottak a misztikus és gondolkodó, a költő és művész lelkére. Ugyanakkor nem feledkezett meg fő feladatáról sem, arról, hogy napról napra tökéletesedjék, s mindenütt, minden pillanatban átadja magát a kimondhatatlan istentapasztalás élményének.
Az élete rendkívül nehéz és kemény volt gyermekkorától a haláláig, pillanatnyi pihenés és szünet nélkül. Krisztus szívesen tartotta őt a keresztjén. Magatartásában és személyében ugyanaz történik, mint írásaiban: egy emberileg nézve tűrhetetlenül kemény élet prózai valóságából ének születik, amely nem más, mint maga az Isten iránti szeretet és épp ennek a kemény életnek a szeretete, mivel ez az élet biztosítja számára az istenszeretetet.
Keresztes Szent János az istengyermekek tökéletes szabadságának a szentje. Egész élete liturgia, amelyben minden emberi valóság énekké és költészetté vált. Olyan, mint egy trubadúr, akit a természet, a szeretetben töltött élet és a kereszt, a szeretetnek a legnagyobb megnyilvánulása ragadott magához. A keresztjét úgy ölelte magához, ahogy egy muzsikus a hárfáját.
1591. december 14-én halt meg. 1726-ban avatták szentté, ünnepét 1738-ban vették föl a római naptárba, november 24-re. 1969-ben áthelyezték december 14-re. XI. Pius pápa 1926-ban egyháztanítóvá nyilvánította.
Művei: A Kármelhegy útja (A Kármel hegyére vezető út), A lélek sötét éjszakája, Az élő szeretetláng (Szerelem égő lángja), A szellemi páros ének
A misztikusok, a spanyol költők, a szemlélődő szerzetesek védőszentje.
Karol Wojtyła kutatta és elemezte Keresztes Szent János teológiai rendszerét, 1948-ban védte meg A hit Keresztes Szent János szerint című doktori értekezését a római Angelicum Pápai Főiskolán.
Istenünk, te Keresztes Szent János áldozópapot és egyháztanítót a tökéletes önmegtagadás és a kereszt nagy szeretetére nevelted. Engedd, hogy kitartóan kövessük példáját, és eljussunk dicsőséged boldog szemlélésére az örökkévalóságban. A mi Urunk, Jézus Krisztus, a te Fiad által, aki veled él és uralkodik a Szentlélekkel egységben, Isten mindörökkön-örökké. Ámen.
Keresztes Szent János : Könyörögj érettünk!
Tudom, hogy forrás fakad titkosan
Bár éjszaka van
Ez örök forrás rejtőzik szemünktől
Barlangnak sűrű mélységéből tör föl
Bár éjszaka van
Nem tudni hol, mert eredete nincsen
Ám ami van, ered belőle minden
Bár éjszaka van
És szépségéhez nincs hasonló semmi
Az ég és föld szokott belőle inni
Bár éjszaka van
Tudom, hogy nincsen medre, hol szaladna
És nem tud senki átlábalni rajta
Bár éjszaka van
Hogy tisztaságát semmi nem zavarja
Hogy minden fény a fényét tőle kapja
Bár éjszaka van
Tudom, belőle óriás erek folynak
Eget és poklot, embert záporoznak
Bár éjszaka van
Tudom, az ér, mi sodrából kiválik
Mindenható, akárcsak ő, e másik
Bár éjszaka van
Mi kettőjükből tör egyetlen egybe
Nincsen, ki nála fontosabb lehetne
Bár éjszaka van
Az örök forrás titkos útját járva
Élő kenyérben életünk kínálja
Bár éjszaka van
Ím e sötétben látja a teremtmény
Hogy oltsa szomját vizét fölkeresvén
Bár éjszaka van
Azt az eleven forrást, mire vágyom
Az élet kenyerében megtalálom
Bár éjszaka van
Magyar Kurír