Az egyetemet 1917-ben alapították; egyházjogilag a Szentszék dekrétumával 1942-ben hozták létre.
Az intézmény 1967-től több alkalommal egyoldalúan módosította statútumát, az Egyház érdekét súlyosan megsértve. 1990-től kezdve az egyetemet a Szentszék többször felszólította, hogy statútumait hozza összhangba az Ex Corde Ecclesiae kezdetű, 1990. augusztus 15-én kiadott apostoli konstitúcióval. E jogi kötelességének az intézmény nem tett eleget.
A 2011 decemberében tartott egyházjogi vizitációt követően, majd az egyetem rektorának a vatikáni államtitkárral folytatott 2012. februári találkozója után a Szentszék részéről újabb kísérletet tettek arra, hogy megbeszélést folytassanak a statútumok összhangba hozásáról az Egyház törvényeivel.
Az utóbbi időben az egyetem rektora a vatikáni államtitkárhoz intézett két levelében lehetetlennek találta e kérés teljesítését. A statútumok módosítását ahhoz a feltételhez kötötte, hogy a limai főegyházmegye mondjon le az egyetem javainak kezelése feletti ellenőrzéséről. Az intézmény vagyonának kezelése feletti ellenőrzésben a limai főegyházmegye részvételét a perui polgári törvényszék ítéleteivel többször megerősítette.
Az egyetem e viselkedését látva, amelyet más tények is megerősítenek, a Szentszék arra kényszerült, hogy az említett intézkedést meghozza, hangsúlyozva, hogy az egyetem kötelezően az egyházjog alá tartozik.
A Szentszék továbbra is figyelemmel kíséri az egyetem helyzetének alakulását. Reméli, hogy a közeljövőben az érintett egyetemi hatóságok átértékelik álláspontjukat, így a Szentszék felülvizsgálhatja jelen intézkedését. A Szentszék részéről az egyetemtől kért megújulás képessé teszi az intézményt arra, hogy válaszoljon feladatára, vagyis vigye el Krisztus üzenetét az emberekhez, a társadalomba és a kulturális életbe, az Egyház világban betöltött missziójának megfelelően – zárul a július 20-án hozott vatikáni döntésről kiadott sajtóközlemény.
A Szentszék apostoli vizitátoraként Erdő Péter bíboros 2011. december 4-én utazott a dél-amerikai ország fővárosába, hogy megbeszélést folytasson a Perui Pápai Katolikus Egyetem vezetőségével a nagy múltú intézmény statútumairól.
Vatikáni Rádió/Magyar Kurír