17 óra 19 perc volt a pontos idő, amikor a török terrorista, Ali Agca célba vette a pápát, hogy kioltsa életét. A Szentatyát életveszélyes állapotban azonnal a Gemelli kórházba szállították, ahol hosszú és bonyolult műtétet hajtottak rajta végre.
A merénylet híre az egész világon nagy megdöbbenést váltott ki, és a közvélemény a mai napig nincs tisztában azzal, hogy pontosan milyen erők bérelték fel a török terroristát. Az emberi számításokkal ellentétben a szentatya életben maradt, sőt pápasága 26. évében nemrégen újabb rekordot állított fel: Péter utódai közül a harmadik leghosszabb pápaságot mondhatja magáénak. Azok, akik számára a kommunista Lengyelországból érkezett pápa politikai akadályt jelenthetett, ma már eltűntek a történelem színpadáról, és általánosan elismert tény, hogy Karol Wojtyla meghatározó szerepet töltött be Európa kettéosztottságának felszámolásában.
A Szentatya nem tett említést a szerdai kihallgatáson a merényletről, pusztán arra kérte a híveket, hogy szüntelenül bizalommal imádkozzanak a fatimai Szűzanyához, aki a gyilkos golyót meggyőződése szerint eltérítette. Mint ismeretes, a pápa a golyót a fatimai szentélynek ajándékozta egy évvel a merénylet után, amikor felkereste a híres portugáliai Mária-kegyhelyet. A golyót ékszerként a Szűzanya szobor glóriájába foglalták bele. A merényletkor viselt fehér övet, amelyet a merénylő golyói bevéreztek, a Jasna Gora-i lengyel nemzeti szentélynek ajándékozta.
2000-ben, a szentév során II. János Pál pápa május 13-án a boldogok sorába iktatta Fatimában a két kis látnokot, Ferencet és Jácintát, és ebből az alkalomból nyilvánosságra hozta az ún. „harmadik fatimai titok” tartalmát, amely a Péter utóda ellen elkövetendő merénylet próféciája.
A pápa a merénylet után első alkalommal mondott Úrangyala elimádkozásakor nyilvánosan megbocsátott merénylőjének, majd erről személyesen is biztosította Ali Agcát, amikor 1983. december 27-én az olasz börtönben felkereste. Az újságírók kérdésére ezt válaszolta: „Hogy miről beszélgettünk, az a kettőnk titka. Úgy szóltam hozzá, mint testvéremhez, akinek megbocsátottam és akiben bízom.”
A török terrorista a szentév során – 19 évi börtönbüntetés után – Carlo Azeglio Ciampi államelnöktől – a Szentatya előzetes beleegyezésével – kegyelmet kapott. Törökországba szállították, ahol a hazájában előzőleg elkövetett bűntényekért tölti büntetését.
VR/MK